Ze względów środowiskowych budowa linii tramwajowej do Mistrzejowic wzbudza protesty ze strony części mieszkańców Krakowa. Akcja Ratunkowa dla Krakowa napisała na swoim profilu w mediach społecznościowych: „Wygląda na to, że poszatkowano rodzinę jeży podczas inwestycji drogowo-tramwajowej. Czy ktoś zatrzyma to szaleństwo? Wcześniej obok wycinki leżały martwe gołębie, a zaangażowani w sprawę mieszkańcy informowali, że przez bałagan w dokumentacji pod topór miały iść drzewa oznaczone do ocalenia. Na krakowskiej mapie jeży widać, że w okolicach ul. Młyńskiej te mają swoje siedliska. Wzywamy miasto do natychmiastowego wstrzymania wycinki, a odpowiedzialne za ochronę środowiska służby do wyjaśnienia sprawy”.
Wykonawca informuje natomiast: "Od czasu rozpoczęcia prac na terenie, na którym ma powstać linia tramwajowa do Mistrzejowic, Firma Gülermak zachowuje wszelkie możliwe po jej stronie środki ostrożności dotyczące bytowania tam zwierząt. Prowadzony jest nadzór środowiskowy. Pracownicy wykonawcy zostali także uczuleni na wszelkie przypadki zagrażające występowaniu zwierząt".